성과의 인과 규명 수단으로 성과지표의 유형을 활용하는 것이 바람직하고 효과적이지만 성과평가를 위한 시스템 모형의 평가설계를 제대로 이해하지 못하여 실제로는 그 이론적 기본을 무시한 채 평가의 시스템 모형의 구성 요소를 나타내는 성과지표만 설정하고 상호 인과관계가 있는 것처럼 생각하는 오류를 드러내는 것이 문제다. 그 이유는 사업이나 과제나 업무의 목적과 결과 간의 인과관계가 존재하는지를 분석하지 못한 채 그렇게 치부하고 측정치만 비교하기 때문이다. 이를 시정하기 위해서는 무엇보다도 시스템 모형의 평가 틀의 구성 요소인 투입과 처리와 산출에 관한 성과지표를 올바르게 선정하고 그에 관한 정확하게 측정하는 것이 필요하다. 그것은 그냥 외견상 결정되는 것이 아니라 그런 사업과 과제와 업무를 수행하여 목표를 달성하는데 필요한 중요성공요인(Critical Success Factor, CSF)에 해당하는 핵심성과지표(Key Performance Indicator, KPI)로서 성과지표 선정의 기준인 SMART 기준에 부합해야 한다. 다음으로 그러한 성과지표에 해당하는 산출지표(output indicator)가 초래되는 원인이 되는 요소인 처리(집행) 활동 지표(즉, 과정지표)에 대한 파악이 요구된다. 이때 잘못된 처리 활동 요소를 선정하는 경우 전혀 다른 산출을 가져올 수밖에 없으므로 무엇이 직접적으로 관계있는 활동인지를 성과지표로 정확하게 나타내야 한다. 마지막으로 사업, 과제, 업무의 목표가 단기적인지 아니면 중장기적인지에 따라 산출지표와 함께 결과지표(outcome indicator)를 선정해야 하여 측정해야 한다. 현실적으로 행정 대부분은 집행 활동으로서 과정지표(process indicator)에 해당하고, 달성하고자 하는 목표는 산출지표에 해당한다. 그리고 그런 산출 결과 궁극적으로 또는 최종적으로 기대하는 효과(effect)가 결과지표이기 때문에 아주 특별한 경우를 제외하고는 기껏해야 사업, 과제, 업무의 대상자 만족도 정도가 되는 경우가 많으나 그것 자체가 매우 주관적이고 유동적이어서 절대적으로 믿을 만한 성과 측정이 되지 못하여서 단기적인 효과나 결과(result)인 산출물에 의해 평가되는 것이 일반적이다.
여기서 한 가지 주의할 점은 1980년 후반에 신 공공 관리론이 등장하면서 기존의 통제 지향적인 투입 중심의 성과관리를 탈피하여 책임을 강조하는 결과 중심의 성과관리(outcome-oriented performance management)가 정책 및 행정의 책임을 강조하였지만, 모든 정책 및 행정이 결과를 도출할 수 없어서 결과 중심의(result-oriented) 성과관리를 추진해왔다. 그래서 결과(result)에 해당하는 단기, 중기, 장기의 효과로서 산출(output), 결과(outcome), 영향(impact)을 측정하게 된 것이다. 그러나 실제로 현장에서는 경제학에서처럼 단기 결과와 장기결과로 구분해서 단기 결과로 산출을, 중장기 결과로 결과(outcome) 또는 영향(impact) (이 둘을 합해서 효과라 함)에 해당하는 성과지표를 측정하는데, 특히 후자의 결과 또는 영향에 해당하는 성과지표 측정에 집착하기보다 투입물과 처리(집행) 활동과 산출물 간의 인과관계를 제대로 파악하는 것에 더 비중을 둘 필요가 있다. 왜냐하면, 그럴 때 비로소 제반 정책 및 행정 활동의 성과를 제대로 파악하고 그 원인을 규명함으로써 성과지표에 의한 성과평가에 의해서도 순전한 성과평가 방법에 따르지 않고도 정책 문제와 해결방안을 제대로 파악하게 되기 때문이다. 이처럼 성과지표 간의 인과관계 규명이 시스템 모형에 기초한 성과관리의 핵심이어서 실효성 있는 성과관리를 위해서 반드시 시행되는 것이 필요하다.